Ongeveer vierhonderd jaar voor Origins, vond Odyssey plaats. Met deze game verlaten we het oude Egypte en trekken we naar het oude Griekenland, dat net zo legendarisch is als het oude Egypte. De game speelt zich af tijdens de Peloponnesische Oorlog, waarin de Delische Bond onder leiding van Athene streed tegen de Peloponnesische Bond, geleid door Sparta. Het is aan de spelers om te kiezen bij welke partij zij zich aan willen sluiten.

Ubisoft introduceerde een heleboel RPG-elementen in Origins. Deze keren allemaal terug in Odyssey en worden ook nog eens uitvergroot. Zo krijgen spelers in Odyssey voor de eerste keer van de reeks keuzes voorgeschoteld. Of zij als Kassandra of als Alexios willen spelen is een van de eerste keuzes die spelers moeten maken. Verder horen bij deze keuzes onder andere dialoogopties en bepaalde acties en zitten er op basis van de verschillende keuzes meerdere eindes in de game.