In de game kruip je in de huid van Edward Kenway om een samenzwering te ontrafelen tussen Britse en Spaanse Tempeliers. Zij willen ervoor zorgen dat piraterij uit de wereld verdwijnt, maar gebruiken tegelijkertijd hun positie om een wijsgeer te vinden die hen de locatie van een oud observatorium kan vertellen. Met behulp van dit observatorium kan een persoon door middel van een bloedmonster waar ook ter wereld getraceerd worden. Voor de allereerste keer in de serie werd er een jachtsysteem toegevoegd en je kunt ook op zee varen met je eigen schip. Ook de multiplayer is weer van de partij.