In Agony beland je als een gekwelde ziel in de donkere krochten van de hel, zonder herinneringen aan wie je hiervoor was. Als speler heb je de speciale vaardigheid om mensen te besturen of demonen te bezitten. Deze vaardigheden komen erg goed van pas om te overleven in de hel. Langzaamaan probeer je de omgevingen te verkennen en zo min mogelijk op te vallen tussen de andere verdoemde zielen. Al snel kom je er achter dat er maar één manier is om de hel te ontsnappen en dat is een ontmoeting met de mysterieuze Rode Godin.